Школа основана в 1965 году. До 2002 г. имела статус неполной средней школы и относилась к управлению образования Томского района. В последующем проходит несколько преобразований:
в 2002 г. переименовывается в Эуштинскую основную общеобразовательную школу.
с марта 2005 г. школа выходит из состава Томского района и становится муниципальным общеобразовательным учреждением основной общеобразовательной школой № 66 г. Томска.
в декабре 2011 г. приказом департамента образования администрации Города Томска школа переименована в муниципальное казенное общеобразовательное учреждение основную общеобразовательную школу № 66 г. Томска
в 2012 г. на основании постановления администрации Города Томска от 07.12.2012 г. № 1464 школа была реорганизована в форме присоединения муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения основной общеобразовательной школы № 20 г. Томска к муниципальному казенному общеобразовательному учреждению основной общеобразовательной школе № 66 г. Томска.
с октября 2013 г. школа получает статус бюджетного и переименовывается в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение основную общеобразовательную школу № 66 г. Томска
с 31 октября 2022 года на основании постановления администрации города Томска от 17.10.2022 г. № 939 школа была реорганизована в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение основную общеобразовательную школу № 66 г. Томска
